בעיה 1
כלור דו חמצני נוצר באתר-באמצעות שני חומרי גלם, אך ריכוז כלור דו חמצני המוסף למים מהגנרטור אינו נמדד במדויק.
פתרון: לגבי בקרת מינון, חלק מצמחי המים משתמשים כיום במשוב מוקדם- של מים גולמיים, חלק משתמשים במשוב לאחר-משוב של מים מטופלים, וחלק משתמשים בשילוב של שניהם.
בעיה 2
כאשר נפח ההזנה של מחולל חיטוי מעורב כלור דו חמצני/כלור גדול, ריכוז הכלורט במים המטופלים גבוה מאוד.
פתרון: כדי למנוע תוצרי לוואי מוגזמים של כלורט, התקן הלאומי (GB 28931-2012) קובע שמחוללי חיטוי מעורבים של כלור דו חמצני/כלור המשמשים לחיטוי מי שתייה צריכים להיות בעלי מפריד גז-נוזל.
בעיה 3
כאשר מים גולמיים נכנסים למיכל הקרישה, לכלור דו חמצני יש ריח חזק ומעצבן, בולט במיוחד בטמפרטורות הגבוהות של הקיץ.
פתרון: הוסף כלור דו חמצני בחושך או ישירות לתוך צינור המים הגולמיים כדי להפחית את הנידוף שלו. זה מונע ביעילות ריח מוגזם של כלור דו חמצני מלנבוע ממיכל הקרישה במהלך היום ובחודשי הקיץ החמים.
בעיה 4
כאשר תכולת הברזל והמנגן במים גבוהה, הגדלת קצב ההזנה כדי להבטיח טיפול יעיל בברזל ובמנגן יכולה להוביל בקלות לרמות מוגזמות של כלורט וכלוריט בשפכים.
פתרון: אם רמות כלוריט מוגזמות בשפכים נגרמות על ידי כלור דו חמצני במהלך -חמצון או חיטוי מראש, ניתן להוסיף מלחי ברזל כדי להפחית את הכלוריט.
בעיה 5
לרוב מפעלי המים יש רק יכולת לזיהוי מהיר של כלור דו חמצני במי תהליך, אך לא לגילוי תוצרי לוואי. חלק מצמחי מים קטנים אינם יכולים אפילו לבצע גילוי כלור דו חמצני כלל.
פתרון: לזיהוי כלור דו חמצני, רוב מפעלי המים מצוידים כיום במכשירי בדיקת כלור דו חמצני ניידים.