התבוננות בפעילות מיקרוביאלית
מיקרואורגניזמים יוצרים קהילה מעורבת, והצמיחה שלהם מחולקת לארבעה שלבים (שלב נייח, שלב לוגריתמי, שלב שקט ושלב הזדקנות).
בתנאים מסוימים, פרוטוזואה יכולה להפריש חומר ג'לטיני וליצור ממברנה שמקיפה את גוף הפרוטוזואה, ויוצרות ציסטה. רוב הציסטות מגנות על גוף הפרוטוזואה מפני גורמים סביבתיים שליליים (כגון טמפרטורה לא מתאימה, שינויים ב-pH, מחסור במזון וכו').
כאשר הסביבה משתפרת, הגוף הפרוטוזואה יכול להחזיר את החיוניות שלו ולצאת מהציסטה. באופן דומה, דגלים של דגלים נעלמים בתנאים לא נוחים וצומחים מחדש כאשר התנאים מתאימים.
כאשר החמצן המומס במיכל האוורור יורד מתחת ל-1 mg/L, Vorticella מפגין התנהגות חריגה; הוואקווולים המתכווצים שלהם מתנפחים באופן משמעותי, עם בועת גז בולטת מהקצה, והפרוטוזואה מת במהירות.
כאשר ערך ה-pH משתנה לפתע מעבר לטווח הנורמלי, Vorticella הופכת ללא פעילה, טבעות הריסי שלהן מפסיקות לפעום, והגוף הפרוטוזואה מתכווץ לגוש.
למרות שמספר רב של Vorticella נצפה, נוכחותם של גופים קמלים או מעוותים, גבעולים זנבים מנותקים ואפילו צורות גליליות מעידה על תנאים סביבתיים גרועים, המשקפים ירידה בפעילות החיידקים והידרדרות אפקט הטיפול בשפכים.
אם לא יינקטו אמצעים בזמן, ה-Vorticella תמשיך לגדול ולבסוף למות, מה שיפריע לתהליך ההפעלה.
התבוננות בשינויים בסוגים ובכמויות של מיקרואורגניזמים
מספר גבוה יותר של חיידקים מעיד על יכולת חזקה יותר לפרק חומרים אורגניים. דוגמאות כוללות דגלים של בעלי חיים, אמבות וציליאטים.
באופן כללי, קיים מתאם ליניארי בין מספר הסיליאטים במיכל האוורור לבין שיעורי סילוק הקולחים BOD5 ו-COD. כאשר ריצות מהוות כ-65% מכלל הפרוטוזואה, שיעור הסרת COD הוא 89%-96%, ושיעור הסרת BOD5 הוא 87%-94%.
כאשר מספר הסיליאטים במיכל האוורור גבוה מאוד (דומיננטי לחלוטין בקרב פרוטוזואה), זה מצביע על היווצרות בוצה פעילה טובה והשפעת טיפול מיטבית.
עלייה בכמות הדגלים וירידה בריסיות מעידה על ירידה בפעילות הבוצה הפעילה וביעילות הטיפול.
יתרה מזאת, חיות מים אחרות, כמו עצלונים, מעדיפות מים נקיים. נוכחותם במיכל האוורור מעידה על יעילות טיפול טובה, אך מספרים מוגזמים ומין בודד מעידים גם על יעילות מופחתת.
זרימה גדולה של גלגלי גלגלים מצביעה על הזדקנות הבוצה המופעלת, וכתוצאה מכך מבנה רופף וציפה של בוצה, מה שמדרדר עוד יותר את יעילות הטיפול.
במהלך גל של שפכים רעילים, מספר ה-Vorticella יקטן באופן משמעותי, כאשר רק כמה ריסים לא פעילים, כגון *Cyclophorus*, יופיעו.
התבוננות בפעילות המטבולית של אוכלוסיות חיידקים
פרוטוזואה מתרבה בצורה א-מינית ומינית.
בתנאים סביבתיים נוחים (חומרי מזון, טמפרטורה, חמצן וכו'), הפרוטוזואה עוסקת ברבייה א-מינית מתמשכת. נוכחות של רבייה מינית (צימוד) מעידה לעיתים קרובות על הידרדרות בתנאי הסביבה או על כך שהאוכלוסייה נמצאת בשלבי הזדקנות.
לכן, כאשר ריסים מפגינים פעילות ירודה, למערבולות יש דיסקים פומיים נסוגים, ואקוולים גדולים מתכווצים, ואקוולים ציטופלזמיים, עיוותים, צימוד או היווצרות של מספר חרקים, גם אם מספר החרקים גדול, זה מצביע על כך שהטיפול אינו יעיל.